《数码宝贝》讲述：“它们就在你的身边”——在新科技发展的近未来，社交网络上流传着被称为“全息幽灵”（Hologram Ghost）的真假不明的怪奇现象的传闻。初中一年级学生天之河宙，因为启动了父亲失踪后留下的被称为“生命手环 数码器-V-”（Vital Bracelet Digivice-V-）的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物——“数码兽”。从与父亲所托付的顽皮数码兽“伽马兽”相遇的那天开始，宙就被卷入了各种怪奇现象中。盗取人类时间的“缝口男”，或是在夜晚徘徊并掳走人类的“木乃伊男”……全息幽灵，就在大家身边伺机而动。由此开始，便是无人知晓的世界背后的故事。宙、伽马兽和伙伴们一起，踏入了生存着数码兽们的不可思议的世界中。